STIKES RS Anwar Medika dipimpin oleh Ketua STIKES yang bertanggungjawab kepada Ketua Yayasan. Dalam melaksanakan tugas, Ketua STIKES dibantu oleh Pembantu Ketua Akademik (Wakil I), Pembantu Ketua Non Akademik (Wakil II). Program studi sebagai unsur pelaksana tugas dari STIKES, dipimpin oleh seorang Ketua Program Studi.